《恶魔之谜》的故事舞台设定在一个名为“10年黑组”的全住宿制女子高中的班级，这个班级里的12名学生都是由暗杀者构成的，她们全都瞄准了她们的同学一之濑之濑晴的性命。即使她的性命被众多人觊觎，一之濑晴依然发誓一定要活着毕业。另一方面，同样也是准备夺取一之濑晴性命的暗杀者转校生东兔角却在一次次接近对方时，渐渐地被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时，兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。

故事讲述在寄宿制的圣阿斯玛利亚女子学园，刚刚入学的牡丹和小忍和自称“天使”的小翁相遇。在偶然吃到小翁头上天使环一样的点心“天使之蛋”之后，两人也变成了会下（读作尿裤子）“天使之蛋”的体质。按照小翁的说法，似乎产下10万个天使之蛋就能实现愿望……

主角・怪盗丽娅，平时是便利商店Faminya的看板娘，她的助手是一只名叫楚太郎的老鼠，丽娅经常藏身在便利店的地下室里策划宝藏夺取的计划。Faminya的隔壁就是大江户警察局，好色的警长、妄想症刑警、天然呆女警这三位警察整天叫喊着要逮捕怪盗丽娅，可是每次都因为太过愚笨而无功而返。就是这笨蛋警...