某日，小新未来的新娘多美子从20XX年的未来都市“Neo Tokio”来到小新的面前。多美子告诉小新，未来的他被“Neo Tokio”的支配者也就是多美子的父亲金有增藏给绑架了，需要只有5岁的小新帮忙解救。于是小新决定和多美子乘坐时光机去未来都市。　　到达未来的他们立刻开始寻找已经成年的小新，可是却遭到了金有增藏派出的刺客袭击。小新能否成功救出未来的自己呢？他能顺利和多美子喜结良缘吗？“Neo Tokio”能重夺光明美好未来吗？小新的自我拯救行动就要开始了！

故事讲述了小新偶遇一名国籍不明的少女“莱梦”，并被“莱梦”指定成为正义间谍，小新便在“莱梦”的指导下开始了间谍训练，为了正义，小新将与“莱梦”并肩作战…… 　　曝光的海报上，醒目写着“爸爸、妈妈，其实我是一名间谍。”预示着小新即将卷入间谍的世界中，同时也揭露出野原一家从未暴露的新秘密。小...

有一天，野原一家人去冲绳旅游，旅游途中，小白的PP竟粘上了“只有屁股星人”不小心遗失在地球上的炸弹。据称，这颗炸弹的威力足以炸掉整个地球！！得到消息的宇宙监视中心UNTI工作人员也来到冲绳准备回收这颗炸弹，另一方面，美女恐怖集团“雏菊歌剧团”也闻风而来想抢夺小白身上的炸弹。小新大呼：“绝对不将小白交给任何人！”后来小白为了救小新，宁愿自己被宙监视中心UNTI工作人员捉，也不让自己的主人—小新和自己受苦。围绕着这颗恐怖的炸弹，小新又会做出什么惊人举动呢？！

小新和妈妈一起逛百货公司，他缠着妈妈买了假面英雄最新出品的玩具宝剑。回家之后，发生了怪事，宝剑竟然变成了普通的竹棒。从幼儿园回家的路上，小新遇到了一只和小白长得一模一样的狗狗，唯一的不同在于它是黑色的。小新给它取名为小黑，把它带回了家，并成功地说服了爸爸妈妈，让小黑留在了家里。正当野原一家过着平静的日子的时候，通向黑暗世界库莱顿的大门被打开了，阴谋统治地球的邪恶计划正在秘密推进。一天，一位自称名叫“普莉林”、身材劲爆的大姐来找小新，说他是被选中的勇者，必须对抗来自黑暗之门的邪恶力量。从那天开始，野原家倒霉连连，爸爸失去晋升机会，妈妈在大减价争斗中落败。黑暗的力量在不知不觉中侵袭了进来。一天夜里，小新爬起来上厕所，少年【马塔塔米其实是女的，但是小新一开始把她当作了哥哥】马塔塔米突然出现在他面前。马塔塔米是被派来保护勇者小新的。在她的帮助下尚未觉醒的小新打败了一个又一个敌人。然而更强大的敌人出现了，小新能拯救世界么？！

小新住的城市春日部，正进行着提倡善待地球的环保活动，小新也和大家一起开展捡垃圾活动。期间，小新偶然捡到了一瓶看似好味的饮料，于是他拿回家放在冰箱里。可是，他刚想喝的时候却发现爸爸和妈妈早把饮料喝完。然后，喝完饮料的爸爸和妈妈竟然都变成了动物！爸爸是鸡，妈妈是豹。小新的父母变成动物后就慢慢地不认识小新和小葵了。小新的朋友们以及春日部里好多人也因意外而变成了动物。在意识到必须采取行动后，小新与朋友们一起踏上了寻找并解救被抓走的父母及其他人的冒险之旅。在到达目的地后他们遇上了不少困难，小新与妈妈的母子亲情受到严峻考验！小新到底会怎么做......