宇宙发生了异变，新的强敌出现！许多不该出现的凶恶怪兽和外星人纷纷出现！有人在偷偷谋划一场巨大的阴谋，如今，阴谋渐渐浮出水面。众多奥特战士们联手，前来解开谜团的真相。

地球上住着很多偷偷隐居的外星人，只有少数人才知道这个真相。主人公 “工藤优幸”就职于一个名叫 “伊吉斯”的民间警备组织，该组织主要是解决外星人引起的纠纷。在优幸的身上隐藏着一个连他自己都不知道的秘密，泰迦奥特曼的光之粒子寄宿在了他的身上，当泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻起，新的故事开始了。

贝尔哲布布是传说中在天界大战时恶魔之王撒旦的得意部下，曾经在天界大战之后肃清了过激派的各种暗杀。但现在的贝尔哲布布看上去就是一个喜欢软乎乎毛茸茸毛球的柔弱少女，身为代替撒旦统领魔界的主人却对异性没有什么抵抗力，对于下属缪林是有着明确的身为异性的好感，但是却由于主观和各种客观的原因难以说出口，两人就是差捅破那层窗户纸——

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

曾经险些遭到魔神毁灭的世界，拯救它的是一位被后世称为“魔法帝”的魔导士。两位被遗弃在教堂的少年，一位是有卓越魔力跟魔法才能的四叶草魔导书的尤诺，另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔法书的亚斯塔，这是关于一位没魔法能力的少年却想要成为魔法帝的故事。