《破毒强人》讲述的是卧底警察叶浩天，不顾生命安危，与大毒枭文华斗智斗勇的故事。大毒枭文华掌控着全港过半的贩毒生意，为了将他绳之以法，警方安排了刑警叶浩天卧底在文华身边，经过一段时间的潜伏，叶浩天取得了文华的信任，并伺机将他逮捕归案。入狱后的文华痛改前非，在12年后的采访中他更是对自己的犯罪行为悔恨交加。就在这时，文华被诊断出患有绝症，基于他在狱中表现良好，警方决定让他假释，安享最后的时光。不料，十多年的监狱生活并未让文华改过，出狱后的他不但干起了老本行，还与一起命案扯上了关系，而叶浩天也再度行动起来，两人之间的恩怨又一次拉开了序幕……

承接上一部的精粹，透过不同人物的感倩关系，带出十五宗震撼性的刑事罪行及民事诉讼，无论在庭内庭外，同样引人入胜，未到宣判一刻，仍未知结果如何。高级检察官丁柔（陈秀雯）与大律师余在春（欧阳震华）感情渐稳，可是柔的旧爱李国柱（邓梓峰）离婚回港，重新介入，二人感情顿现危机。新进检察官唐毓文（王菲）办事能干，甚得柔赏识；文对正直的律师周志辉（苏永康）产生好感。辉自与旧女友分手，对女人心存恐惧，後终於鼓起...

春（欧阳震华）周旋在独立坚强的Stephaine （盖鸣晖）及欢场女子李彤（蔡少芬）间，展开一段像雾似花的三角情缘。宇（陶大宇）与晖（宣萱）经过几番波折，感情得到稳定之际，却因第三者阿Cat（陈慧珊）介入而陷于强局。 辉（苏永康）遇上蕊（陈晓云），发展至结婚前夕，蕊惨被爱滋色魔强奸至身心重...

在一次游轮大火之中，德田负责搜索的范围内出现意外，因此受到上司唐明的责难。德田虽知此乃意外，但心中有愧，自觉拯救生命压力极大，顿起了逃避之心，主动要求调往潜水队。可是世事往往难以预料，德田在潜水队中过了一段短时期，又被调回陆上消防局，又再重遇要求严格的唐明。德田面对唐明的严苛，以为唐明处处针对自己，但未几，在一次救火行动中，唐明竟然甘愿冒生命危险，救了德田，由此令德田明白到唐明一向以来，对下属的严格要求，也是唐明对自己的要求。从这刻开始，德田的工作态度转趋积极，令周遭的人也登时另眼相看。德田有一弟弟纪兴田，性格与德田大相迳庭。兴田天生好胜，自小无论学业、运动均成绩彪炳，大学毕业后，考进消防队当起消防队长。当一个消防员对兴田来说，只能够满足一己的英雄感，因此兴田甫出班便力求表现，要成为消防队中的明星。德田对兴田的出色表现，没有妒忌，反而引以为傲。而兴田一直觉得大哥德田是个得过且过的人。然而，当德田受唐明启发后，态度和表现大有跃步，更赢得同袍和上司的赞赏；兴田遂对这个大哥产生从未有过的妒忌，兴田更决意在工作里努力向上，争功求名。

徐永邦（郑少秋）痛恨身为银行家兼香港十大首富之一的生父叶胜（关海山）当年抛妻弃子，视之为仇人。邦自幼受养父徐坚（鲍方）薰陶，长大后加入警队；坚亲生子徐家立（罗嘉良）大学毕业后亦投身警界，不久晋升为高级督察。