Mac（黎明）、Bird（陈小春）、Sam（李灿森）和Michelle（雪儿）是国际神偷组织界的精英，四人一向合作无间配合默契，完成过许多艰巨任务。 此次四人要到马来西亚侦察一名科学家，希望偷取其刚研制成功的治癌药。可是在悄悄潜入药厂行动的过程中四人却遭遇埋伏，方知此次任务是骗局一场。在四人试图逃脱的过程中，Mac失手，但因神秘性感的女子June（舒淇）得以解困。从June身上，Mac忆起前女友被旧拍档出卖而死去的往事，并拥有了一个破解迷局的重要线索。

卫斯理（刘德华），一个从事跟踪、调查神秘事件的男人，是联合国外星生物分析局的特别成员，处理地球上一切和外星生物有关的事件。一次，卫斯理在古董店参观一块奇异的蓝色人骨时，遇到了少时曾有一面之缘的蓝血人-- 拥有蓝色血液的外星人，「她」的名字叫方天涯（关芝琳），外表就和一般美女无异。卫斯理正想留住方天涯，这时附近却发生了一宗外星生物突袭事件，美国的外星生物调查机构--隶属FBI的Double X Unit小组 奉命到场，由队中精英白素（舒淇）和白奇伟（张素（舒淇）和白奇伟（张耀扬）兄妹领队。白氏兄妹带领着X组精锐部队进入事发大厦，与具有A级战斗力的外星生物交战。卫斯理也前来助阵，无奈，不敌强大的对手，身受重伤，而方天涯亦在此时再次现身，以奇异的力量救了卫斯理，杀死了强大的外星怪物。 原来方天涯乃蓝血星人「深蓝[又称蓝血星]--猎户星座中最明亮的星体」，六百年前为保护蓝血圣经而离开故乡，在回程时遇上了流星雨，天涯便乘逃生仓来到地球，更和弟弟失散，而蓝色的人骨，正是天涯的弟弟tan所有。 卫斯理受伤昏迷期间，被白氏兄妹所救，而白素在照顾卫斯理之时，竟禁不住对卫暗生情愫，但卫斯理的心中记挂的却是在脑海中留下深刻记忆的方天涯，卫斯理遂借X组的最高负责人威尔逊之力，动用X组中的特异功能人士，以脑电波找寻方天涯的去向，但威尔逊为了在美国国会中得到绝对的权力，竟利用卫斯理找到方天涯，暗中派人把天涯掳走，并进行了一连串不人道的实验，卫斯理抗议无效，反被软禁。白氏兄妹看不过眼欲阻止，却被威尔逊解除武装，免去职务 ……. 再此同时，两名来自蓝血星的异类生物Kill（郑浩南）和Rape（黄佩霞）降落地球，原来本一向和平宁静的蓝血星，被凶残太空侵略者「获壳衣毒间」感染，此刻Kill和Rape到来，就是想找到蓝血圣经，获得无穷的力量。Kill和Rape凶残无比，他们找到了被X组通缉的大骗子郭博士（王晶），郭眼见性命不保，答应带Kill到X总部找寻方天涯。在小王的领路下，Kill和Rape突然袭击X总部，将威尔逊和大批X组员杀死，X总部也以自毁爆灭。卫斯理、方天涯和白素逃出。 卫等人回到香港，便和联合国人员与Double X 交涉，要他们交出Tan，从而得知Tan在日本，天涯获悉后，十分开心，并马上联络上Tan，知Tan次日会到香港会面，涯听后情不自禁吻卫，二人终爆发激情，进行了一次外星异物和地球人灵与欲的彻底沟通--神交…… 但被白素见到，素伤心不已。 次日，Tan突然出现与天涯相见。Tan叫天涯与Rape，Kill合作，交出蓝血圣经便可回故乡，天涯拒之，Tan用计抢走蓝血圣经和天涯，Tan将天涯带到废置工厂见Kill和Rape，Tan打算交易…… 这时，小女孩过脑电波联络天涯，告知卫，天涯深爱着他，卫心如刀割。白素赶到，带来一批武器，决定和卫一同与外星生物决一死战，营救天涯和蓝血圣经.

黄飞鸿、十三姨和鬼脚七三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏在美国开设宝芝林，至今终于站稳脚跟。黄飞鸿在路上搭救了落难的美国快枪手比利，不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。失去记忆的黄飞鸿被印第安人部落收留，因十三姨坚持不懈的寻找二人终于团聚。与此同时，镇长与匪帮勾结为自己牟取暴利，事发后撇开匪帮导致后者大举报复，被镇长栽赃的黄飞鸿挺身而出，大战西部群匪。

徐夕（李连杰）本是神秘杀手组织701部队里的一名冷血杀手，因为不想再做杀人工具，他逃离了该组织来到香港化身为一名普通的图书馆理员，因此结识警察石SIR并与之成为好友，不想701部队为追杀黑帮头目突然现身香港，一时石SIR及警方均束手无策，见好友处于危难中，徐夕挺身而出化为黑侠。黑侠让701部队的首脑熊菊（龙刚）大为震怒，遂派徐夕旧情人若兰规劝黑侠归顺，被徐夕断然拒绝，结果令图书馆除Tracy（莫文蔚）之外的诸同事皆丧命。为保护Tracy，徐夕再做黑侠采用强硬态度要带她走，遭不知黑侠就是其意中人徐夕的Tracy的拒绝。后在与熊菊一杆人对抗的过程中，徐夕渐从Tracy身上寻到自己想要的情感。