- 在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年，它们之间有着什么样的联系呢？一切的真相又是什么？
- 为迎接即将到来的田径大赛而集中特训的18岁少女、和相伴一生的妻子共庆生日的73岁老人、与所爱的女友举行隆重婚礼的新郎。三个在各自圈子里过着平凡生活的陌生人，却在同一晚同一时刻死亡。他们的死状恐怖，死因蹊跷，并且都在临终前留下“绿猴子”的神秘语句。起初这三起案件被认定为普通的自杀事件，但资深刑警樱井孝典（宇津井健 饰）则认定其中必有玄机，他找到对催眠颇有研究的心理学教授嵯峨敏也（稲垣吾郎 饰）协助调查。 经过一段时间的调查，樱井他们偶然将疑点锁定在某电视催眠节目上，与此同时，各种蹊跷死亡案件仍在不断发生，案情紧迫。患有人格分裂的少女入绘由香（菅野美穂 饰），成为了走有案件走向的重要人物……
