朝仓哲也跟踪新东和公司新社者结城，发觉结城赌博与玩女人的事实。 朝仓哲也平时伪装成平凡的上班族，进入新东和公司的信用卡部门上班，和一般上班族一样，朝仓哲也必须低声下气和客户低头。下班后朝仓哲也到医院探望植物人的哥哥，并告诉照顾哥哥的百合自己会变的很肮脏，要百合替他好好照顾哥哥。 朝仓哲也寄了一封偷拍结城与他的女人京子在一起的照片，计画向结城勒索一亿元，结城收到信后，以为是茂义向他勒索，便赶紧联络京子与他相约见面。茂义知道结城在外面赌博及玩女人的事情后，进一步计画将结城的社长宝座拿下，便叫宝龙会的杀手前去刺杀京子。

科学家伦多博士为了调查住在冰原的神奇宝贝而来到这里，他的儿子小超却意外被卷入坠落时产生的暴风。在那之后经过了四年。有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市，小智巧遇一名少年小超，小超因为四年前的事，让他无法和神奇宝贝相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这个问题，这时候突然出现了神秘神奇宝贝代欧奇希斯，以高科技城市为舞台，神奇宝贝史上最大的冒险将要展开。