托马斯、米诺一行人被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森所管理，詹森为他们提供安稳且舒适的环境，并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试，詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对“闪焰症病毒”免疫的年轻人一同居住。察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控，然而等待他们的，却是比迷宫更加危险的焦土。影片改编自詹姆斯·达什纳撰写的同名反乌托邦科幻小说三部曲的第二部。

家住密西西比河边的14岁少年埃利斯（泰伊·谢里丹 Tye Sheridan 饰）和好友奈克在河中心小岛上发现了一艘废弃的船，同时还有暂住在船上的神秘流浪男子玛德，玛德自称幼年时生活于此，因行动不便拜托埃斯利和奈克给予他帮助。家庭处于分崩离析边缘的埃利斯近于本能的信任玛德，向后者提供食物，并了解到玛德与青梅竹马恋人珍妮弗（瑞茜·威瑟斯彭 Reese Witherspoon 饰）痴缠多年并为之杀人的往事，原来玛德此刻在孤岛上正是躲避赏金猎人追杀的同时欲带走珍妮弗，埃利斯愿意相信玛德的爱情，尽管生活充满了令人失望的底色，他愿意助这位陌生的大朋友一臂之力。