在实现世界性非武装化的2007年，如超古代文明人幽怜所预言:二大怪兽“哥尔赞”及“美尔巴”出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了三座巨大的石像。其中两座巨像被怪兽摧毁了。在这紧要关头，有着超古代人遗传因子，属于地球和平联合特搜队(TPC) GUTS分队的大古队员全身被光所包围，并融身于剩下的一座巨像内——迪迦奥特曼在“现代”复活了! 这部动画是为了纪念“奥特曼”诞生30周年而拍的新作。在这部作品中，迪迦和以往的“奥特曼”不同，为了对付强敌，可进行三种变身。此外，和“迪迦”一起担负保卫地球任务的 GUTS队员们，人人个性鲜明，个个生动形象，这也是本作品的魅力之一。

科学家伦多博士为了调查住在冰原的神奇宝贝而来到这里，他的儿子小超却意外被卷入坠落时产生的暴风。在那之后经过了四年。有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市，小智巧遇一名少年小超，小超因为四年前的事，让他无法和神奇宝贝相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这个问题，这时候突然出现了神秘神奇宝贝代欧奇希斯，以高科技城市为舞台，神奇宝贝史上最大的冒险将要展开。