1933年1月，日军攻陷山海关，华北形势危急。国民党青山军校特工顾盼，被秘密安排独自去暗杀日本经济司司长神谷浩二。顾盼负伤完成使命，撤离时遭日本特工追杀，逃至青山安排的接应处时，等来的竟是自己最好朋友田桥洁的追杀，被指控叛国罪。遭诬陷的顾盼在绝境中被神秘人罗星明解救。中共洞悉汇聚了多方侵华势力的“暗日计划”浮出水面，密令激活特工人员“变色龙”，彻查“暗日计划”。一年后，“变色龙”罗星明暗中引导顾盼加入秘密组织“蜂巢”，同时顾盼把夏恩送入青山军校追查当年真相。通过“蜂巢”行动，顾盼慢慢接近真相，却在此时与恋人谭仲文不期相遇，两人陷入了抉择的迷茫之中。顾盼查出国民党内部的间谍组织，更了解到国民政府黑暗腐败的一面。她和谭仲文决定离开是非之地，不想谭仲文却死于“蜂巢”卧底田桥洁之手。罗星明再次救下顾盼，顾盼以代号“海马”化身地下工作者。顾盼重回青山特训班，在夏恩的配合下，彻查蒲丛，揭开真相。走投无路的蒲丛引出了幕后黑手——神秘的金先生，他就是日本大佐石井一郎，而田桥洁的本名是田中优纪。

从司马懿戎装佩剑意气风发，到诸葛亮手持白鹤羽扇挥斥方遒，都预示着一场场对战呼之欲出。昼夜兼程征孟达、空城计、高平陵事件，以及司马懿与第二代魏帝曹叡的关系都将在剧中娓娓道来。司马懿的身份会变为“托孤重臣”，进一步走入曹叡、曹芳时代的政治权利中枢，并遇到人生中最大的对手诸葛亮。

设计师程伟婷辞职旅行寻找人生目标未果，回到所生活的城市后因为一个偶然的机会 结识了木匠老木，在老木与程伟婷一同为宠物做盒子的时候发生了一系列的故事，让两人也逐渐的走进了彼此的内心。

卢三雄要求聂龙带着卢雁名立刻离开上海，被卢雁名拒绝。卢三雄只得点破婚礼的阴谋，卢雁名却坚持自己的决定。小六子等人秘密潜入地道，从厨房进入宫本招待所。宫本命茉莉在婚礼当中杀死卢绍青，茉莉以必死之心向宫本行大礼。婚礼如期进行，表面隆重气派，实则暗流涌动。卢绍青向卢三雄敬酒感谢他的养育之恩，拿出拨浪鼓来敲响，茉莉也站起身唱中国歌曲《送别》，聂龙、杜英豪等人按照事先准备的计划与卢三雄、宫本一伙展开激战。方彤与凌岚逃走，卢雁名却留在原地。

《青云志2》阵容由第一季原班人马倾力打造，画风一改之前清新淡雅的风格，“暗黑”色系更平添些许神秘，故事情节也将更加丰富吸睛。全新正魔阵营形成，大战将再次开启。虽然承接了第一季的剧情，风格却大不相同，充满了阴谋与争夺。十年之间，人与事皆有不同，每个人物角色也都成长了许多。陆雪琪（杨紫饰）明白了“天地不仁以万物为刍狗”的真谛，林惊羽（成毅饰）虽有动摇却仍在坚持着自己的正义，曾书书（秦俊杰饰）承担着城主的责任还心系师门。魔教三公子血公子鬼厉、毒公子秦无炎（茅子俊饰）、妙公子金瓶儿（焦俊艳饰）也即将集结上线。