- 第二部的剧情是接再第一部之后发展的,升上小学四年级的一小麻烦魔女们在“最后一次”到魔女世界去的时候,从盛开的花朵中看见了诞生的魔法婴儿。因为魔女世界里有一条规定:第一个看到魔法婴儿诞生的魔女就必须当她的母亲照顾她一年。 就因为这个缘故,小麻烦魔女们又回复了魔女见习生的身分,并接受女王陛下的托付,照顾魔法婴儿小花一年。如果能够平安的养育小花,并通过定期健康检查,就能升格为真正的魔女。 为了照顾小花,小麻烦魔女们将原本贩卖用魔法黏土作出小饰品的魔法堂,改装成像花园魔法堂,并且开始做起卖小盆栽的生意。如此一来就可改变成最适合小花成长的优良环境。 就这样,小麻烦魔女们和小花制造了许多回忆。但好景不常,某天,小花不明的发高烧。为要救小花,小麻烦魔女们潜入了被诅咒的森林摘取“真爱苏布里姆花”,但要摘取花朵,就得牺牲魔女水晶球。 费尽千辛万苦,小麻烦魔女们还是摘到了真爱苏布里姆花,医治了小花。但是一年的期限却也随之到来。小花回到了魔女世界,和小麻烦魔女们分开之后,每当有小婴儿来到花园魔法堂,总会让小麻烦魔女们一阵鼻酸…
- 故事舞台发生在架空的城市──日本美空市美空町,除此之外还有魔女世界和魔法堂等.自称为"世界上最不幸的美少女"的春风DoReMi,一直相信这世界上有魔女,并希望自己成为魔女后可以向喜欢的人表白.有一天放学时,春风DoReMi经过一间名叫"新旗山莉卡魔法堂"的店铺.进入一探究竟时,碰巧拆穿了当时魔法堂的老板-"魔女莉卡"具有魔女身份,而导致她变成魔女青蛙.由于只有正式的魔女才可让魔女莉卡恢复原貌,为了帮助魔女莉卡回复原状,DoReMi成为了魔女见习生,并要在见习魔女9个级别(第9级至第1级)的考试中合格,从而取得魔女的象征──自己的水晶球,才能成为正式魔女.期间,初贵,爱子与DoReMi的妹妹泡泡,因为先后知道DoReMi是魔女见习生,为了不让DoReMi也变成魔女青蛙,因此也陆续成为魔女见习生.为了赚取使用魔力所需的魔法珠,所以要时常在魔法堂帮忙.期间也慢慢的参加升级试.在升级试的途中,Doremi等人获得了精灵陪伴.