因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言“在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像”。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。

本故事以被武力和恐怖支配的本能字学院为舞台，以为父报仇的转校生少女为中心， 围绕着在学园中“执牛耳者”的学生及学生会四大天王间的激战故事展开。缠流子和鬼龙院皋月，两人为本作的主人公。在本作中，皋月用极制服的力量支配着学园， 而流子为查明父亲死亡的真相而与皋月对抗。在这由力量支配的学园中，由于手持片太刀铗的转校生的到来，引起了动乱， 这一场各个能力者均被打倒的故事因此而开始！

NHK Eテレで放送されているテレビアニメ『ファイブレイン ～神のパズル』の第2シリーズ制作が決定。第2シリーズでは、カイトの前に、新たな敵“オルペウスオーダー”を名乗る少年たちが出現する。

本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。

亚利西亚联邦研发的宇宙铁人——空迪因和陆迪因突然萌发了自主意识，他们袭击了布林克博士，意图实行反人类计划。但布林克博士死前下了一道限制，所以空迪因和陆迪因不得不以人类的形态活动。他们想夺取人造卫星武器“XV2”的力量，因此空迪因化身为“OSTO·Legacy”的白山静，前往天高找上了假面骑士部。她谎称需要借助假面骑士部的力量来阻止宇宙铁人的阴谋，将弦太朗一行人骗去了太空。但亚利西亚联邦特工——因娜布林克，联同她的拍挡黑骑士，一直在阻碍大家，数次交手后，流星和友子发现因娜似乎并不是他们想象中冷血无情的杀手。问清事情缘由后，弦太朗一行人得知这一切都是空迪因和陆迪因的险恶阴谋！但限制已经解除，弦太朗和流星即使变身为假面骑士卌骑、假面骑士流星，也难以抵挡空迪因和陆迪因兄妹联手。苦战过后，天文开关也全部受损，弦太朗身受重伤，情况十分危急，友情的力量能否拯救众人度过这次危机呢……